Cette chapelle gothique du XVe siècle est le centre d’une commanderie de Franche-Comté doté d’un hôpital tenu par les frères de Saint-Jean de Jérusalem, lieu où l’on recevait les voyageurs mais aussi les malades. C’était aussi une auberge, Varessia se trouvant sur la voie romaine Turin-Besançon.