La Vairie est connue depuis le 15e siècle, elle était alors propriété des Le Vayer, qui pourraient avoir donner le nom à la seigneurie. Elle passa dans les mains de différentes familles au cours des siècles pour finalement devenir propriété de la famille de Moncuit en 1963. Le Musée des beaux-arts de Rennes possède une longue inscription sur pierre, datée de 1609, qui provient de sa chapelle. Il semble d'ailleurs que l'essentiel du manoir ait été construit à la fin du 16e siècle ou au début du 17e siècle. On trouve d'ailleurs les armes des Martin de la Boussardière (d'or à la face de gueule chargée d'une molette de sable, accompagnée de trois pies au naturel), sur un mur de la chapelle ainsi que sur le mur pignon des communs, alors que cette famille était propriétaire du domaine de 1574 à 1689. On trouve ainsi un premier logis à étage du 17e siècle, complété par des communs de la même époque. Le corps de bâtiment central possède un rez-de-chaussée également ancien, mais dont l'étage a été construit plus récemment, certainement au début du 20e siècle. Il devait ressembler à la partie occidentale, encore en rez-de-chaussée. Le pigeonnier semble également relever de cette époque, au regard des éléments de maçonnerie anciens, comme la corniche.