Saint-Jean-Lagineste est une commune française située dans le nord-est du département du Lot, en région Occitanie. Elle se trouve dans la Limargue, une région naturelle qui occupe une vallée verdoyante entre les causses du Quercy et le Ségala quercynois. Cette commune est exposée à un climat de montagne et est traversée par le ruisseau d'Aynac, le ruisseau de Goutal et plusieurs autres petits cours d'eau. Elle fait partie du bassin de la Dordogne et possède un patrimoine naturel remarquable, comprenant deux zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique.